《少女爱上姐姐2～二人的ELDER～》的故事发生在历史悠久的贵族女子圣应女学院里，这所学院有着延续了很多年的传统，每一届都会选出一位品学兼优、深受大家爱戴的高年级学生，担任整个学院的“ELDER”，也就是学生们口中的姐姐大人，负责照顾和引导学院里的所有低年级学生，是整个学院里所有少女们憧憬的存在。故事的主角妃宫千早因为一些特殊的原因，以女生的身份转入了这所全寄宿制的贵族女学院，他长相清秀温柔，气质优雅，刚一入学就吸引了整个学院里所有女生的目光，大家都被他温柔的性格和得体的举止深深吸引。和千早同时入学的还有另一位少女七七原薫子，她性格爽朗大方，像男孩子一样充满活力，刚入学就因为直率的性格交到了不少朋友。按照学院的传统，新一届的ELDER选举即将开始，所有的学生都在讨论谁能成为新一任的姐姐大人，原本大家都以为品学兼优的高年级学生会长会顺利当选，却没想到千早和薫子因为入学之后的种种暖心举动，得到了全院学生的广泛支持，最后两人竟然同时被选为了新一任的ELDER，这在圣应女学院的历史上还是第一次出现两个人同时担任ELDER的情况。一开始两个人都对这个突如其来的身份感到十分手足无措，不知道该怎么承担起照顾全院低年级学生的责任，千早担心自己的身份会暴露，不敢和大家走得太近，却总是忍不住在别人遇到困难的时候伸出援手，低年级的学妹迷路的时候，他会耐心地带着对方找到宿舍，有人在考试前因为紧张焦虑睡不着觉，他会陪着对方在校园的樱花树下散步，轻声安慰对方。薫子则用自己爽朗的性格，给学院里带来了很多不一样的活力，她看到学院里的女生们总是规规矩矩不敢放开自己，就主动组织大家举办运动会，带着大家在操场上跑步、打球，让所有人都能放下贵族学校的拘谨，痛痛快快地玩耍。两个人在共同担任ELDER的日子里，从一开始的互相不熟悉，到慢慢成为了最好的搭档，他们一起处理学院里各种各样的问题，有一次学院里的一个学妹因为家里的变故想要退学，两个人轮流去看望她，陪着她聊天，帮她解决生活里遇到的困难，最后成功让学妹重新回到了校园。还有一次学院的传统文化节遇到了大暴雨，搭建好的舞台被雨水冲坏，所有的学生都急得团团转，千早和薫子带着所有的学生一起冒雨抢修，重新布置场地，最后让文化节顺利举办，整个学院里都充满了欢声笑语。在相处的过程里，薫子慢慢发现了千早隐藏的小秘密，但是她没有揭穿，反而选择帮他一起保守秘密，两个人的关系变得越来越亲密，整个学院的学生都在他们的照顾下，度过了一段充满温暖和回忆的校园时光。《少女爱上姐姐2～二人的ELDER～》用充满细腻少女心的笔触，把贵族女学院里那些温柔又治愈的日常故事一一展现出来，每一个画面里都充满了青春的美好和纯粹的情谊。剧中的主角有妃宫千早，七七原薫子，神近香织理，度会史。