《少年与水球》的故事发生在一所临海的高中里，这所高中的水球部曾经有着无比辉煌的历史，在全国的水球比赛里拿过无数次的冠军，是整个地区都赫赫有名的强队，但是随着老一辈的队员毕业离开，水球部的成绩一落千丈，连参加全国大赛的资格都拿不到，社团里的成员也越来越少，最后只剩下寥寥几个人，眼看着就要面临被学校废除的命运。性格内向的少年清水笃哉从小就特别喜欢水球，小时候他曾经在现场看过水球比赛，被运动员们在水里拼搏的样子深深吸引，一直梦想着能加入一支厉害的水球队，打进全国大赛。他考上这所高中之后，第一时间就跑去报名参加水球部，却发现曾经辉煌的水球部现在已经变得破破烂烂，泳池边的设施都已经老化，社团里的成员也都对未来没有任何信心，每天只是随便在水里泡一泡，根本没有认真训练。笃哉的到来给这个死气沉沉的水球部带来了新的活力，他每天最早来到泳池，最晚离开，不管天气多么炎热，不管训练多么辛苦，从来没有喊过一句累，他的坚持慢慢感染了社团里的其他成员，性格火爆的前主力队员橘夏，因为之前比赛里留下的心理阴影，一直不敢再全力比赛，在笃哉的鼓励下，他重新拿起了水球，找回了当年在水里的热血。性格温柔的水球部经理渚，一直默默支持着社团里的所有人，她把每个人的训练数据都整理得清清楚楚，给大家准备运动饮料和创可贴，是整个社团最坚实的后盾。还有几个原本只是来凑数的社团成员，也在笃哉的影响下，开始认真对待训练，每天放学后都泡在泳池里，练习传球、射门、防守的基础动作，从最基础的体能训练开始，一点点提升自己的实力。他们为了提升实力，主动去找曾经在学校水球部毕业的前辈请教，前辈被这群少年的热血打动，主动回来当他们的临时教练，给他们制定科学的训练计划，纠正他们动作里的错误。在训练的过程里，他们遇到了数不清的困难，有人在训练的时候不小心受伤，差点错过关键的预选赛，有人因为体能跟不上，在水里游到一半就抽筋，还有人因为动作不规范，射门的准确率一直上不去，但是没有一个人选择放弃，大家互相鼓励，互相帮助，今天你帮我加练耐力，明天我陪你练习射门，整个水球部的氛围变得越来越团结。很快地区预选赛到来，他们遇到了很多实力强劲的对手，第一场比赛就遇到了去年的地区冠军，整个队伍在比分落后的情况下，没有一个人放弃，大家拼尽全力在水里奔跑、传球、防守，最后在最后一秒打进了绝杀球，成功赢下了比赛。之后他们一路过关斩将，战胜了一个又一个强敌，终于拿到了全国大赛的入场券，这群曾经不被任何人看好的少年，靠着自己的汗水和努力，重新让这所高中的水球部回到了曾经的巅峰。《少年与水球》用充满青春热血的剧情，把少年们在泳池里挥洒汗水、追逐梦想的故事展现得淋漓尽致，让每一个看过的人都能想起自己学生时代为了目标拼尽全力的热血时光。剧中的主角有清水笃哉，橘夏，渚，水球部的其他少年成员。