《漫研部第三季》从关美在社团招新最后一天误入漫研部开始，她本来想去茶道社，结果被彩用一块画着奇怪生物的手绘招牌骗进了这间只有三个成员的破教室。漫研部第三季延续了前两季那种每集十二分钟的泡面番节奏，可内容密度一点没减，彩是部长，永远在赶稿，永远在截稿日前一天才开始动笔，铃是副部长，画技精湛却只画肌肉男，姬乃是唯一的正常人，负责吐槽，却被彩和铃拉着一起发疯。关美作为新成员被分配的第一项任务是给彩擦墨水，第二项是替铃去买肌肉男杂志当参考，第三项是在姬乃的尖叫中把彩从稿纸上拉起来，因为彩在画到第三页的时候睡着了，口水把男主角的脸糊成了一团。第三季的故事围绕漫研部参加同人展展开，彩发誓这次一定不拖稿，结果她第一天画了十页草稿，第二天全擦掉重画，第三天开始玩手机，第四天在姬乃的哭喊中熬夜到天亮，第五天拖着拉杆箱冲进会场，发现摊位号被印错了，她们的位置在厕所旁边。铃在会场里看见一个画肌肉男的同行，两个人当场开始交流怎么画肱二头肌，关美负责卖本子，她的吆喝声比谁都大，姬乃负责收钱，她的手速比谁都快。同人展结束后四个人去吃烤肉，彩把肉烤焦了，铃把肉全吃了，姬乃在算账，关美在笑，彩说下次一定不拖稿，铃说你说这话说了三年，姬乃说第三季了你还信她，关美说我信，彩哭了，铃又点了一盘肉。《漫研部第三季》把赶稿地狱、同人展鸡飞狗跳和四个女生的沙雕友谊揉在一起，让每一次熬夜都像一场小型灾难，观众看着她们在截稿日面前丑态百出，会明白漫研部最珍贵的不是画出了什么作品，是有人在你睡着的时候帮你把口水擦掉，再把你剩下的三页画完。主要角色名称包括彩、铃、姬乃、关美、肌肉男同行的画手和烤肉店老板，而《漫研部第三季》最后让四个人站在烤肉店门口，彩举着烤焦的肉串说敬下一本，铃说敬肌肉，姬乃说敬不拖稿，关美说敬漫研部，四个人碰了肉串，油滴在地上，像她们永远画不完的墨点。