在希耶丝塔的 “死亡” 落幕之后，君塚君彦原本以为自己总算可以摆脱那些遍布全球的离奇案件，安安稳稳地做一名普通高中生。可夏凪渚的出现打破了这份平静，那颗从希耶丝塔身上移植过来的心脏，不止延续了她的生命，也一同继承了属于名侦探的宿命。夏凪渚一次次找上门，拉着君塚联手追查各类怪事，潜藏在世界暗处的 SPES 组织，也从来没有停下过他们的计划。第二季的故事一边推进当下的调查主线，一边穿插君塚和希耶丝塔过去三年环游世界冒险的回忆片段，慢慢揭开当年那位天才侦探刻意藏起来的心事，还有她不曾对外提起的失败与遗憾。故事一开场，君塚和夏凪渚接到一桩来自伦敦的委托，当地接连发生多起人口离奇失踪案，受害者没有任何共同点，现场也找不到半点挣扎痕迹，仿佛人间蒸发。两人搭乘航班前往英国，飞机上突然爆发险情，和多年前希耶丝塔遭遇的那次劫机事件高度相似。混乱之中，他们遇见了名叫奥莉维娅的神秘女人，她带来了关于拥有预言能力的调律者巫女的情报。抵达伦敦之后，二人顺利找到这位巫女，从她口中得知 SPES 的核心本体 SEED，是一个能够吞噬人类意识的存在。希耶丝塔多年来四处奔走，一直都在寻找可以彻底封印 SEED 的办法。君塚来到希耶丝塔留在伦敦的旧宅，在书房隐秘的夹层里找到了一封尘封已久的信件，信里写着一个近乎不可能实现的方案，那就是唤醒沉睡的希耶丝塔本体。为了找到 SEED 的弱点，一行人动身前往一座偏僻孤岛，岛上藏着希耶丝塔搭建的秘密基地，还有 SPES 组织多年积累的全部档案资料。众人在基地内部翻阅数据的时候，还能通过通讯装置和希耶丝塔的女仆分身对话，一点点摸清 SPES 制造改造人和容器的整套计划。就在线索即将拼凑完整的时候，SPES 的手下突然发动袭击，他们此行的目标是斋川唯，她的身体特质是 SEED 最想要夺取的容器。君塚一行人只能紧急赶回日本，蝙蝠、夏洛特、加濑风靡这些老伙伴全部赶来支援，一场惨烈的大战就此打响。战斗过程里，蝙蝠不幸牺牲，夏洛特身受重伤，夏凪渚为了护住斋川唯也轰然倒下，局势一下子跌到谷底。就在所有人陷入绝望的三天之后，奇迹降临，希耶丝塔成功复活。复活后的希耶丝塔重新站在君塚身侧，侦探与助手的搭档再次回归。只是复活并不是毫无代价，希耶丝塔的状态一直很不稳定，随时都有可能再次消失。另一边，SEED 挣脱原本的束缚，化作巨大的蛇形怪物，打算吞噬全世界所有人的意识。原本互相敌对的各方势力，选择暂时放下恩怨联手抗敌。这场对决不只是力量上的硬碰硬，更是信念之间的较量。君塚不再是那个只会被动卷入危机的少年，他慢慢独立思考，不再事事依赖希耶丝塔的判断，依靠自己的推理找到了 SEED 意识核心的弱点。激烈的决战当中，赫拉牺牲了自身意识，完成对 SEED 的封印，这场延续多年的危机暂时告一段落。大战过后，世界迎来短暂的安宁，可新的麻烦接踵而至，夏凪渚陷入长久的沉睡，想要唤醒她，还需要继续搜寻关键线索。希耶丝塔和君塚也终于放下所有顾虑，坦诚说出心底对彼此的感情。与此同时，新的敌人 Mia 和 Scarlet 悄然现身，留下重重疑点，这也说明 SPES 残存的势力依旧在暗中谋划，世界并没有迎来真正的和平。这一季不再单纯堆砌侦探解谜和战斗场面，更多在探讨侦探本身的使命，还有继承逝者遗志究竟意味着什么。希耶丝塔并不是完美无缺的英雄，她也会犯错，背负着无数谎言与牺牲。经历一场场生死考验的君塚渐渐明白，侦探追寻真相，不只是为了破解谜题，更是为了守护身边重要的人。剧集结尾，君塚与希耶丝塔一同踏上新的旅途，一边寻找唤醒夏凪渚的办法，一边清理 SPES 剩下的残余势力。侦探曾经死去，但属于他们的故事远远没有画上句号，更多未知的谜团，正静静等待着他们前去揭开。