《神机妙算刘伯温》从刘伯温在青田老家收到朱元璋亲笔信开始，他本来已经辞官归隐，每天钓鱼读书，结果信上只写四个字，江山有鬼，刘伯温叹了口气，收拾行囊进京，路上遇见徐达押送军粮被劫，马皇后在宫中替朱元璋批奏折，胡惟庸在朝堂上笑脸迎人，李善长暗中拉拢旧部，蓝玉在边关拥兵自重，刘义扮成乞丐替父亲探路，朱元璋坐在龙椅上说先生不来，朕睡不着。剧中主角有刘伯温、朱元璋、胡惟庸、马皇后、徐达、蓝玉、李善长、刘义、宋濂。刘伯温进京后没有直接查案，他先看天象，再查粮价，最后去刑部翻旧档，发现一桩灭门案与胡惟庸有关，又查到李善长包庇亲信，蓝玉私藏战马，朱元璋想杀又怕动摇朝局，刘伯温便用一盘棋让他明白，杀一人容易，治一局难。他先查军粮被劫，让徐达假意退兵，引劫匪出山，刘义混入匪窝，马皇后在后方稳住粮价，宋濂替刘伯温写奏折，朱元璋亲自审问，发现劫匪竟与胡惟庸门生有关。中段最惊险的一场戏发生在京城大水，堤坝被人挖开，洪水冲向皇城，刘伯温算出水位，让徐达连夜搬沙袋，马皇后开宫门收留百姓，蓝玉带兵堵口，胡惟庸却想借乱销毁账册，刘义在仓库里找到被藏起的税银，李善长试图调走守军，朱元璋站在城墙上看见百姓跪地求救，终于下旨彻查，刘伯温没有先抓胡惟庸，而是先修堤、再赈灾、后查账，洪水退去，账册浮出，胡惟庸党羽一一落网，李善长被迫致仕，蓝玉交出兵权，朱元璋想杀胡惟庸，刘伯温劝他留人证，朱元璋最终将胡惟庸下狱，马皇后病倒，徐达守边，宋濂教书，刘义入仕。后来刘伯温又遇到斩龙脉、疑案和边疆战事，他没有靠神鬼，只靠算学、天文、人心和法度，朱元璋多次想封他高位，他都推辞，只肯做御史中丞，专门替百姓说话。最后，《神机妙算刘伯温》用军粮、洪水和朝堂，把神机妙算写成替天下算账，也让人明白最厉害的谋士不是算到皇帝心思，而是算到百姓能不能活。