《绿岛金魂》从一艘开往绿岛的交通船在风浪里颠簸开始，菜鸟管理员林正被海风吹得睁不开眼，他怀里抱着一份调令，心里却全是问号，因为他原本在台北警局做文职，忽然被丢到这座以监狱闻名的小岛，连个像样的交接都没有。林正上岛第一天就发现气氛不对，码头上的渔民看见他就低头，监狱门口的老守卫老李叼着槟榔，眼神像在看一个不该来的人。林正被分到最老的牢区，那里关着十几个重刑犯，其中有一个叫阿杰的受刑人整天在墙上画金元宝，画完又用指甲刮掉，刮得指尖全是血。第二夜，禁闭室里传来铁链拖地的声音，林正冲过去打开门，发现受刑人阿龙坐在铁床上，双手放在膝盖，脸上盖着一张白纸，纸上画着一只闭着的眼睛，尸体没有伤口，没有中毒，法医陈静看了半天只说了一句这不像人干的。老李告诉林正，绿岛以前流传一个说法，被冤死的人会变成金魂，坐在仇人的床边数金元宝，数到第七夜就带走一条命。林正不信，可第三夜又死了一个，死者是当年负责押送一批走私黄金的狱警，尸体同样被摆成坐姿，白纸上画着金元宝。林正开始翻旧档案，发现十年前有一艘走私船在绿岛外海沉没，黄金不翼而飞，船上七个船员全部失踪，只有一个人被冲上岸，那个人叫阿坤，后来成了绿岛监狱的典狱长。杂货店老板娘小菲偷偷塞给林正一叠照片，照片上是典狱长赵坤城和几个商人在码头搬箱子，箱子里闪着金光。林正找到刑警阿伟，阿伟说这个案子他查了五年，每次快要摸到线索就被调走。阿杰在放风时把林正拉到墙角，说金魂不是鬼，是活人，因为死掉的那几个都是当年参与分黄金的人，现在有人在替天行道。林正终于拼出真相，赵坤城当年私吞黄金，把船员灭口，其中一个船员临死前把黄金藏进监狱地基里，赵坤城这些年一直在找，而杀人者就是阿杰，他是那个船员的弟弟，他装疯卖傻混进监狱，用金魂传说掩盖复仇。林正在暴雨夜冲进典狱长办公室，赵坤城正拿着铁锹挖地基，金条一根根露出来，阿杰站在他身后，手里握着一根磨尖的铁管。赵坤城转身要开枪，老李从门外扑进来挡住子弹，老李说这些年我装聋作哑，今天不想再装了。赵坤城被阿伟带走，阿杰把铁管扔进海里，林正站在码头看着交通船离开，金魂的传说没有消失，只是变成了一个哥哥替弟弟讨回公道的秘密。这部《绿岛金魂》把监狱黑幕、黄金走私和冤魂传说拧成一股绳，让每一次深夜的脚步声都像有人在数金元宝，观众看着林正从一个只想混日子的文职警察变成敢在暴雨里追凶的人，会明白绿岛最可怕的不是鬼，是那些活人把秘密埋在土里还假装什么都没发生。剧中出现的主要角色名称包括林正、老李、小菲、阿杰、阿伟、陈静、赵坤城、阿龙和当年失踪的船员们。《绿岛金魂》最后让林正坐在回程的船上，手里握着老李留下的槟榔袋，他知道岛上的风还会吹很久，但至少这一次有人把埋在地底的真相挖出来了。