《湄洲岛奇缘》的故事要从1946年那艘在海上漂泊的安祥号说起，台湾光复后，被日军掳到海南做苦力的台湾劳工林志雄带着身怀六甲的妻子阿清挤上了返乡的轮船，船上一百多号人都是劫后余生的劳工，每个人脸上都写着归心似箭，可安祥号驶出码头没多久引擎就出了问题，失去动力的旧船在海上像一片叶子一样被风浪推着走，更糟糕的是阿清的肚子突然疼了起来，船上的接生婆手忙脚乱，阿清在颠簸中生下了一对双胞胎儿子，林志雄抱着两个哇哇大哭的婴儿，又看看船上那点可怜的淡水和粮食，牙一咬把弟弟林海祥留在了湄洲岛上，托付给救他们的岛民杨永金夫妇，自己带着阿清和哥哥林海安继续登船返回台湾，这一别就是五十多年。杨永金夫妇把林海祥当亲生儿子养大，给他改名叫杨海祥，杨海祥在湄洲岛上娶妻生子，女儿杨秀湄从小就聪明伶俐，她考上了医学院，毕业后却做了一个让所有人都想不通的决定，不去大医院当医生，跑到湄洲岛妈祖祖庙当了一名导游，她说妈祖文化需要有人讲给更多人听，她愿意做那个讲故事的人。五十多年后，台湾那边林海安的儿子林永吉跟着妈祖信徒进香团来到湄洲岛，他背着相机在祖庙里拍素材，心里还揣着父亲临终前的嘱托，找到留在湄洲岛的叔叔。林永吉在拍摄时不小心踩空掉进了海里，被路过的杨秀湄一把拽了上来，秀湄给他做人工呼吸，永吉睁开眼看见的第一张脸就是她，那一刻他觉得自己这辈子就栽在这个姑娘手里了。两人在妈祖祖庙的香火里慢慢靠近，永吉教秀湄用相机，秀湄带永吉去吃岛上最地道的海鲜面，他们在海边看日落，在祖庙的钟声里接吻，一切都美得像一场梦。可永吉的母亲从台湾赶来后，无意中看到了杨海祥的照片，又听秀湄说起父亲的名字，脸色刷地就白了，她私下找了秀湄，说秀湄和永吉是堂兄妹，永吉的父亲林海安和秀湄的养父杨海祥是亲兄弟，这门亲事绝对不行。秀湄当场就懵了，她哭着跑回家问杨海祥，杨海祥沉默了很久，终于说出那个藏了五十多年的秘密，原来秀湄不是他的亲生女儿，她的亲生父亲是当年和杨海祥一起被留在湄洲岛的另一个孩子，那个孩子长大后在一次海难中救人身亡，留下刚出生的秀湄，杨海祥就把她抱回来养大。秀湄和永吉的痛苦没有持续太久，杨海祥带着他们找到了当年安祥号上的一位老船员，老船员拿出了一本泛黄的航行日志，上面清清楚楚地写着林志雄夫妇在湄洲岛留下的只有一个孩子，就是林海祥，而另一个被杨海祥养大的孩子是船上另一对劳工夫妇的遗孤，那对夫妇在船难中双双遇难，林志雄夫妇不忍心把两个孩子都带走，才把林海祥托付给了杨永金，另一个孩子则被杨永金的好友收养，后来辗转到了杨海祥手里。真相大白的那一刻，秀湄和永吉抱在一起哭得像个孩子，永吉的母亲也跪在杨海祥面前道歉，说自己差点毁了孩子们的幸福。秀湄和永吉在妈祖祖庙前办了一场简单的婚礼，永吉把台湾的摄影工作室搬到了湄洲岛，秀湄继续当她的导游，每年妈祖诞辰的时候，他们都会站在祖庙的台阶上，看着海峡对面的方向，因为那里有永吉的家人，也有秀湄从未见过面的亲生父母。整部《湄洲岛奇缘》用1946年的海难、五十年的分离、妈祖文化和两岸寻亲把一段跨越海峡的血脉故事讲得又痛又暖，主角名称包括林志雄、阿清、林海安、林海祥、杨秀湄、林永吉、杨永金、阿梅、施丽冬和杨超凡，而《湄洲岛奇缘》最动人的地方是它没有把两岸的分离拍成一声叹息，而是让秀湄和永吉用一段差点被误解毁掉的爱情，把五十年的隔阂一点点缝了起来，也让观众看到，妈祖庙里的那炷香不只是信仰，是无数个家庭隔着海峡盼了一辈子的团圆。