《末日孤舰第三季》由埃里克·迪恩、亚当·鲍德温、布里吉特·瑞根等主演，2016年播出，是一部融合病毒灾难、军事行动与政治惊悚的剧集。故事紧接上一季，全球疫情在解药分发下逐渐得到控制，但钱德勒舰长已经被总统米切纳任命为海军作战部长，离开了内森·詹姆斯号，斯莱特林接任舰长继续在东南亚分发治愈药物。表面上看世界正在恢复，圣路易斯街头甚至刷着钱德勒的喷漆头像，可实际上危机从未走远。日本南部率先出现了病毒变异，美国生产的解药在那里失去了效力，钱德勒受命前往香港与亚洲各国领导人会面，试图弄清变异背后的真相，然而迎接他的是一场埋伏，直升机遭到袭击，他侥幸脱身才意识到事情远比一场外交谈判复杂。与此同时，斯莱特林带着几名船员在越南执行任务时遭遇海盗，人被扣下当了俘虏，钱德勒不得不重新召集老班底，一边处理亚洲这边错综复杂的势力角力，一边想办法把斯莱特林他们救出来。随着调查深入，变异病毒的源头逐渐指向某个势力对治愈药物的囤积和操控，而美国国内也不太平，总统米切纳面对各州领导人的施压焦头烂额，白宫内部有人暗中搅局，一个叫艾莉森的女人在圣路易斯悄悄布局，钱德勒的后方正在被一点点掏空。中段几集里，钱德勒在亚洲的处境越来越棘手，斯莱特林那边也发现了令他不安的真相，总统的权威在国内不断被侵蚀，卡拉在圣路易斯做了一些深入调查，顺藤摸瓜摸到了艾莉森这条线。到后半程，钱德勒与劲敌之间的对决避无可避，他回到美国想弄清楚到底发生了什么，而艾莉森已经控制了总统，整个局面比病毒本身还要凶险。最后一集里，钱德勒带着人给难民分发食物，与各方势力周旋到最后一刻，终于把艾莉森那伙人掀翻在地，但这场胜利的代价不轻，老搭档Tex在行动中丢了命。仗打完了，钱德勒收拾行李准备离开，萨沙劝他留下，他说这是斯莱特林的船，吻了她之后提着箱子走下舷梯，全舰队的人列队送他。整部末日孤舰第三季把战场从海上拉到了外交桌和白宫走廊，病毒变异只是引子，真正要命的是人在废墟上重新分配权力时露出的那副嘴脸，它适合一路追下来的老观众，也适合喜欢看灾后重建背景下人性博弈的剧迷，末日孤舰第三季用一场告别给这个阶段画了句号，钱德勒转身走开的那一刻，比任何一场交火都让人记得住。