康熙十九年，历时七年的平定“三藩”叛乱之战终获决定性胜利。康熙皇帝在养心殿大宴百官，气氛正值热烈之际，施琅却毅然起身奏请：国家尚未完全统一，此时庆祝为时尚早。他建议平叛军队全线东移，大兵压境以解决台湾问题，然而此议却遭到了朝臣的反对。 康熙二十年，台湾局势风云突变。侍卫冯锡范与唐妃暗中勾结，在北园别馆制造骨肉相残的惨剧，挟持年幼的延平王郑克塽以把控台湾大权。他们持海自固，屡次拒绝清廷招抚，阴谋“自立乾坤”。风雨飘摇之际，董太妃以年迈之躯勉力支撑大局，凛然宣告：“自立乾坤，分裂国土，我至死不为！若有再提自立乾坤者，杀无赦！” 此时，从台湾潜入京城的朱霖与阿鳗悄然潜行至施琅府邸，将一封密信匆匆交给施世伦后便隐入夜幕。当晚，两人即被九门提督捕获。次日，午门张榜告示，刑部议定明日将这二名“台湾奸细”斩首。施琅闻讯大震，竟以内大臣身份硬闯刑场。“台湾奸细案”与“闯刑场案”震动朝野，康熙下旨于刑部审讯施琅，并钦命贝勒奈溚、康亲王杰书为审理官。九月五日，被押入刑部大堂的施琅大声疾呼：暗通关节者朝廷确有其人，绝非施琅，而是贝勒奈溚！他掏出两年前奈溚写给冯锡范允诺台湾自立的密信为证。康熙皇帝的突然驾临令满堂皆惊，帝怒斥：“谁敢分裂江山社稷，应和台湾自立乾坤者，此剑为例！”施琅由此与奈溚结下私仇。 此后，施琅“因剿寓抚，以战逼和”的对台方略得到重臣李光地等人支持，康熙亦十分赏识，起用其为福建水师提督。施琅特请侍卫吴奇爵同行获准。施琅赴任福建，令台湾冯锡范的追随者洪旭等人惊恐万分，密谋对策后，派刘国轩出征澎湖欲决死战。 康熙二十一年三月，施琅在制定进取澎台的作战方案时，与福建总督姚启圣产生全面分歧。八月，康熙在“御门听政”早朝中，将“进军澎台”的专征权交予施琅。出征前夕，施琅将家中十几名少不更事的孩子分派至各条战船，以示破釜沉舟的征战决心。 康熙二十二年六月，施琅指挥三百余艘战船、三万多名将士从铜山港出发，乘南风之势进军澎湖。历经五个时辰的激战，清军大获全胜。澎湖一失，水军覆没，台湾顿失屏障。延平王召集百官商议去留，众人批驳了“血战到底”与“弃岛计划”，赞同刘国轩“议和则保全，再战必覆灭”的见解。年幼的郑克塽在关键时刻果断拍板，命刘国轩负责与清廷议和。 八月十三日，施琅率精兵登陆鹿耳门，直抵龙亭。八月十五日，台湾归清隆重典礼于孔庙前广场举行，施琅宣读康熙圣诏。八月二十二日，施琅拜谒郑成功祠，焚香顶礼，含泪祭告，神情怆然。 同年十一月，台湾权力移交顺利完成，施琅率船队返回厦门。郑克塽被清廷授爵，亲属均获封官职，刘国轩则被授为天津总兵。康熙二十三年四月，皇帝下诏设台湾一府三县，并屯兵镇守。施琅继续留任福建水师提督。康熙三十五年二月，施琅病逝，享年七十六岁。