《少年正义联盟第三季》的故事发生在第二次星际大战结束之后的几年，地球虽然暂时恢复了表面的和平，但是暗地里的危机从来没有消失，曾经被打败的光明会并没有彻底覆灭，他们隐藏在暗处，继续谋划着新的阴谋，甚至还联合了更多来自不同星球的邪恶势力，想要重新夺回对地球的控制权。而曾经的少年正义联盟的成员们，在经历了前两次的大战之后，每个人都走上了不同的人生道路，有人选择继续留在正义联盟里，成为了正式的超级英雄，有人厌倦了打打杀杀的生活，选择隐姓埋名，去过普通人的日子，有人因为在战争里失去了自己最重要的人，陷入了深深的痛苦和自我怀疑之中，甚至走上了和曾经的伙伴对立的道路。整个超级英雄阵营陷入了前所未有的分裂，曾经并肩作战的好友，因为理念的不同，站到了完全相反的立场上，彼此之间兵戎相见。故事的一开始，一个全新的极端组织“光明会余党”开始在全世界各地制造恐怖袭击，他们用更加先进的科技和更加残忍的手段，制造了多起针对超级英雄的暗杀事件，很多曾经的少年正义联盟成员都成为了他们的暗杀目标。夜翼也就是曾经的罗宾，意识到事情的严重性，他不得不重新站出来，四处奔走，想要把散落在各地的老队友们重新召集起来，一起对抗这个新的威胁。但是召集队友的过程比他想象的要困难得多，超级小子因为之前的一系列事件，被关进了专门关押超能力者的监狱里，被全世界的人当成了危险的罪犯，神奇女孩回到了自己的家乡，正在带领自己的族人对抗外来的入侵者，根本抽不开身，海少侠回到了亚特兰蒂斯，正在处理海底王国的内部叛乱，火星少女则因为之前的卧底经历，留下了严重的心理创伤，把自己关在火星的家里，不愿意再回到地球。夜翼没有放弃，他一个人一个人地去找自己曾经的队友，陪着他们一起解决各自遇到的困境，帮超级小子洗清了冤屈，帮神奇女孩平定了家乡的叛乱，帮海少侠稳住了亚特兰蒂斯的局势，一点点把所有人重新聚到了一起。在这个过程里，他们还遇到了很多新一代的年轻超能力者，这些年轻人和当年的他们一样，充满了热血和勇气，却因为没有正确的引导，差点走上了歪路，曾经的少年英雄们决定承担起引导这些年轻人的责任，带着他们一起执行任务，教他们怎么正确使用自己的能力，怎么成为一个真正的英雄。随着调查的不断深入，他们发现这一切混乱的背后，藏着一个足以颠覆整个宇宙的巨大阴谋，一个来自多元宇宙的邪恶存在，正在试图入侵他们的世界，想要把整个地球变成自己的领地。为了守护自己的家园，曾经的老英雄和新一代的少年英雄们联手，放下了彼此之间所有的矛盾和分歧，组成了全新的少年正义联盟，和这个前所未有的强大敌人展开了殊死搏斗。整个故事里充满了对英雄身份的反思，探讨了超级英雄在和平年代里的迷茫和挣扎，也展现了两代英雄之间的传承和成长。《少年正义联盟第三季》用更加宏大的世界观和更加深刻的剧情，把超级英雄世界里的复杂和多面展现得淋漓尽致，让观众看到了英雄们褪去光环之后的脆弱和坚守。剧中的主角有夜翼，超级小子，海少侠，火星少女，还有新一代的少年超能力者们。