《少年阴阳师》的故事发生在日本的平安时代，当时人类的世界和妖怪的世界共存，京城的周边到处都游荡着各种各样的妖怪，经常给人类带来灾难，而阴阳师就是负责降妖除魔，守护人类平安的特殊职业。故事的主角安倍昌浩，是历史上最有名的大阴阳师安倍晴明的孙子，他从小就继承了祖父强大的灵力，却因为年幼的时候发生的一场意外，失去了看见妖怪的能力，所有人都觉得他不可能成为像祖父一样厉害的阴阳师，连他的父亲都不看好他，觉得他这辈子只能做一个普通的普通人。但是昌浩从来没有放弃过自己的梦想，他一直想要成为一个能守护大家的厉害阴阳师，他偷偷跟着祖父学习阴阳术，每天天不亮就起来练习画符咒，背诵阴阳术的口诀，哪怕所有人都嘲笑他不自量力，他也从来没有动摇过自己的决心。有一天，昌浩在郊外遇到了一只白色的小妖怪，这只小妖怪的名字叫小怪，它的真实身份是传说中十二神将里的腾蛇，因为触犯了天条，被封印成了小妖怪的样子，它看出了昌浩身上隐藏的强大灵力，决定留在昌浩的身边，陪着他一起成长，帮他实现成为厉害阴阳师的梦想。在小怪的陪伴下，昌浩慢慢找回了看见妖怪的能力，他的阴阳术也进步得越来越快，很快就超过了很多学习了很多年的年轻阴阳师。就在这个时候，京城的周边开始出现一系列诡异的事件，很多地方都有妖怪出来害人，甚至连皇宫里都出现了邪祟的影子，整个京城陷入了前所未有的恐慌之中。昌浩在祖父安倍晴明的指引下，带着小怪一起踏上了降妖除魔的旅程，他们在这个过程里遇到了十二神将里的其他成员，这些性格各异的神将一开始根本看不起这个乳臭未干的少年，觉得他不可能承担起守护京城的重任，但是在一次次和妖怪的战斗里，昌浩用自己的善良、勇敢和担当，慢慢赢得了所有神将的认可，他们都心甘情愿地留在昌浩的身边，成为了他的助力。随着调查的不断深入，昌浩发现这一系列诡异事件的背后，藏着一个被封印了几百年的强大邪神，这个邪神想要冲破封印，毁灭整个京城，让整个世界陷入黑暗之中。为了阻止邪神的阴谋，昌浩带着十二神将，和邪神的手下展开了一场又一场惊心动魄的战斗，好几次他都差点死在妖怪的手里，靠着身边伙伴的帮助才死里逃生。在最终的决战里，昌浩为了守护自己想要保护的人，不惜燃烧自己全部的灵力，和邪神展开了殊死搏斗，最后成功把邪神重新封印，守护住了整个京城的平安。曾经所有人都不看好的少年，终于成长为了一个比自己祖父还要厉害的伟大阴阳师，成为了所有人都敬仰的存在。《少年阴阳师》用充满奇幻色彩的剧情，讲述了一个少年在伙伴的陪伴下，不断成长，最终实现自己梦想的故事，充满了日式古典的奇幻美感。剧中的主角有安倍昌浩，小怪也就是腾蛇，安倍晴明，还有十二神将的其他成员。