《深夜的超自然公务员》从宫古新被调到东京都厅夜间工作开始，他原本只是一个普通的公务员，笔试面试一路过关斩将，终于拿到了梦寐以求的东京都厅内定，可入职通知书上写着一个他从来没听说过的部门，夜间勤务组，别人上班是朝九晚五，他上班是晚九朝五，而且工作地点不在都厅大楼里，在一栋旧得连门牌都生锈的别馆。宫古新第一天上班就遇见了他的上司榊京一，一个穿着西装打着领带可眼神里全是懒散的男人，榊京一叼着烟坐在办公桌上，看见宫古新进来就扔给他一个手电筒，说走吧，去巡逻。宫古新以为巡逻就是看看窗户关没关，灯熄没熄，可他们第一站就进了一家便利店，榊京一对着空无一人的货架说了一句今晚的关东煮有点咸啊，货架上突然冒出一个脑袋，一个没有身体的脑袋，脑袋上的嘴一张一合说你也觉得咸吗，我放了两遍盐。宫古新吓得瘫在地上，榊京一拍拍他的肩膀说欢迎来到夜间勤务组，我们的工作就是处理这些家伙。宫古新开始了他匪夷所思的公务员生涯，他的同事包括姬冢圣阳，一个穿着和服、说话慢悠悠的女人，她的能力是看得见别人看不见的东西，也能用一把折扇把闹事的妖怪扇出三条街，还有先代藤龙，一个看起来只有十几岁的少年，实际上已经活了几百年，他的耳朵能听见所有妖怪的声音，可他懒得听，所以永远戴着耳机。夜间勤务组的工作范围从东京塔的幽灵电梯到新宿地铁站里迷路的河童，从池袋的猫妖集会到浅草寺的狐狸嫁女，宫古新从最初的每天被吓晕，到后来学会了先问一句你是哪种妖怪，再决定要不要跑。第一季的主线围绕一个叫沙门天的神秘人物展开，他出现在东京各个角落，试图打开连接人间和异界的门，榊京一告诉宫古新，夜间勤务组存在的真正目的不只是巡逻，是维持两个世界的平衡，沙门天认为人类占据了太多空间，妖怪应该夺回属于它们的地盘。宫古新在追查沙门天的过程中发现，他自己的身世也和妖怪世界有关，他的祖母曾经是一个巫女，与一只狐妖有过约定，宫古新的出生就是那个约定的一部分。第十二集的结尾，沙门天在东京塔顶打开了异界之门，无数妖怪涌出来，榊京一带头冲进去，姬冢圣阳用折扇封住了电梯口，先代藤龙摘下了耳机，他说好久没听过这么多声音了。宫古新站在塔顶对着沙门天说，这个城市不是人类的，也不是妖怪的，是所有人的，沙门天笑了，他说你比你祖母会说话。门关上了，东京塔的灯重新亮起来，宫古新瘫坐在观景台上，榊京一递给他一罐啤酒，说今晚加班费翻倍。这部《深夜的超自然公务员》改编自たもつ叶子创作的同名漫画，由LIDENFILMS制作，渡边哲哉执导，樋口达人负责系列构成，于2019年4月7日首播，全十二集，主要配音演员包括福山润、前野智昭、入野自由、游佐浩二、樱井孝宏等。剧中出现的主要角色有宫古新、榊京一、姬冢圣阳、先代藤龙、沙门天、宫古新的祖母和夜间勤务组的其他公务员。这部《深夜的超自然公务员》把公务员日常和妖怪奇谈搅在一起，让每一次加班都变成一次和妖怪的谈判，观众看着宫古新从一个连妖怪都怕的普通人变成一个能在东京塔顶跟沙门天讲道理的公务员，会明白深夜的超自然公务员不是除妖的，是替两个世界传话的，而传话这件事，有时候比打架还难。