《石纪元第二季》从石神千空在科学王国里举起第一台自制手机那一刻开始，他要打的不是一场普通的仗，而是一场用科学对抗暴力的战争，狮子王司的帝国盘踞在山区，手下的战士个个能徒手碎石头，千空这边只有一群拿着木棍和陶罐的原始人，可千空说只要给他时间，他就能从零开始把整个文明重新造出来。为了救琥珀的姐姐琉璃，千空必须制造磺胺类药物，他从硫酸、硝酸、苯酚一路做到青霉素，克罗姆负责收集材料，琥珀负责战斗，金狼和银狼负责当苦力，浅雾幻负责用心理战骗人，大树和杠负责相信千空，每一个人都在用自己的方式参与这场从石器时代到现代的疯狂冲刺。司帝国那边，狮子王司依然是那个想毁灭科学、只复活年轻人的冷酷王者，他的手下冰月、西园寺羽京、红叶焰每个人都有自己的立场，可当千空造出手机、灯泡、甚至一辆蒸汽汽车的时候，司帝国的年轻人们开始动摇，因为他们第一次看见比拳头更厉害的东西。第二季最精彩的部分是千空和司的最终对决，千空没有用刀，他用的是科学和心理战，他让浅雾幻混进司帝国，让西园寺羽京听见音乐，让冰月看见自己的野心，最后司在雪地里被千空逼到绝境，可千空没有杀他，他选择把司冰冻起来，说等以后医学进步了再救你，因为千空要的不是杀死敌人，是让所有人都能活着看见科学的好处。石纪元第二季的节奏快得像一场雪崩，从制造手机到发动战争，从拯救琉璃到冻结司，每一集都在告诉观众，科学不是书本上的公式，是一个人在什么都没有的世界里依然相信明天会更好的执念。剧中出现的主要角色名称包括石神千空、大木大树、小川杠、狮子王司、浅雾幻、琥珀、克罗姆、金狼、银狼、琉璃、冰月、西园寺羽京、红叶焰和科学王国的其他成员。《石纪元第二季》把原始生存、科学发明和王国战争绑在一起，让每一次实验都像一场赌博，观众看着千空从一台破手机做到一场大战，会明白真正的力量不是拳头，是有人愿意在所有人都放弃的时候继续算下一个公式。《石纪元第二季》最后让千空站在海边，手里握着手机，对着远方说下一步我们造船，因为这个世界还有太多地方没有去过。