《石纪元第一季》从全人类在同一瞬间被石化开始，石神千空在黑暗里数了三千七百年，他数秒、数分、数年，把自己的意识当成一根不会断的线，因为他知道只要他还醒着，他就一定能找到解除石化的方法。当他从石像里破壳而出的时候，眼前是一片没有电、没有机器、没有城市的原始森林，他遇见了同样复活的大木大树，两个人从钻木取火开始，一步一步把人类文明重新搭起来，他们造陶器、炼铁、做玻璃、拉电线、点灯泡，每一件在现代社会里微不足道的东西，在这个石世界里都像神迹。小川杠复活之后成了千空最可靠的帮手，她和大树之间的感情也在原始生活里慢慢发芽，而狮子王司的出现让一切变得复杂，司说要建立一个没有贪婪、只有年轻人的新世界，千空却说如果只有年轻人，那老人和病人就活该被抛弃吗，两个人的理念撞在一起，变成了科学和暴力之间的战争。千空被司袭击的那一夜，他倒在雪地里，脖子上的伤口在流血，杠哭着把硝酸滴在伤口上，千空在最后一刻活了过来，他睁开眼睛说科学不会死。第一季的后半段，千空建立了科学王国，他造出电话、灯泡、甚至一辆简易汽车，他和克罗姆一起发现矿石，和琥珀一起翻山越岭，和金狼银狼一起打猎，和浅雾幻一起骗人，他把每一个愿意相信科学的人变成同伴，也把每一个敌人变成可以谈判的对象。石纪元第一季最动人的地方在于，它让一个高中生用三千年的耐心换来了一个从零开始的世界，千空没有超能力，他有的只是比任何人都相信科学能救人的脑子。剧中出现的主要角色名称包括石神千空、大木大树、小川杠、狮子王司、浅雾幻、琥珀、克罗姆、金狼、银狼、琉璃和司帝国的其他成员。《石纪元第一季》把石化、文明重建和理念冲突绑在一起，让每一次钻木取火都像在点燃一个时代，观众看着千空从石头里出来又从零开始造世界，会明白科学不是冰冷的公式，是有人在黑暗里数了三千七百年还不肯放弃的那口气。《石纪元第一季》最后让千空站在自制的发电机前面，灯泡亮起来的那一刻，整个科学王国都在欢呼，而千空只是推了推眼镜说，这只是第一步。