《弑神者！》从草薙护堂在春假去意大利撒丁岛旅行开始，他本来只是个普通的高中生，喜欢历史，喜欢看书，最大的烦恼是暑假作业还没写完，可他在岛上遇见了一个叫艾丽卡的女孩，艾丽卡穿着红色外套，金发在阳光下闪得刺眼，她骑着一辆摩托车冲到护堂面前，说把普罗米修斯秘籍交出来，护堂说我不知道你在说什么，艾丽卡说那你手里那块石板是什么。护堂低头一看，他手里确实多了一块石板，那是他刚才在沙滩上捡的，他还没来得及解释，一头巨大的野猪从海里冲出来，野猪的背上坐着一个铜像般的男人，男人自称是神，要毁灭这座岛，艾丽卡拔剑冲上去，被神一巴掌扇飞，护堂在慌乱中举起石板，石板发出金光，把野猪和神一起打退了。艾丽卡爬起来看着护堂说，你居然弑神了，护堂说我没有，艾丽卡说你刚才打倒了神，你就是弑神者，护堂说我只是想回家写作业。可护堂回不了家，因为他已经被卷入了一个他完全不懂的世界，这个世界里有不从之神，有魔术师，有剑之王，有各种各样的势力，而弑神者是其中最特殊的存在，因为他们杀过神，所以拥有了神的能力，草薙护堂成了第七位弑神者，可他连自己的能力是什么都搞不清楚。艾丽卡成了他的搭档，她说我会教你，护堂说你能不能先教我回家，艾丽卡说不行，因为神还在盯着你，护堂说那我转学，艾丽卡说没用，神会跟着你。莉莉娅娜是第二个出现在护堂身边的女孩，她来自米兰，是个剑术高手，性格认真到有点固执，她第一次见护堂的时候说，我要挑战你，护堂说为什么，莉莉娅娜说因为你是弑神者，护堂说这个理由不够充分，莉莉娅娜说那就因为我看你不顺眼。护堂在一次次战斗里慢慢摸索出自己的力量，他能用普罗米修斯秘籍借用其他弑神者的能力，也能召唤出属于自己的神兽，可他每次用力量都会付出代价，他的身体会承受巨大的负担，艾丽卡说你不能一直这样，护堂说那我能怎么办，艾丽卡说你得学会控制，护堂说我在学。故事的高潮发生在护堂面对最后的敌人雅典娜的时候，雅典娜美丽、冷酷、强大到让人绝望，她想把整个世界变成她的棋盘，护堂站在她面前的时候，第一次没有想逃跑，他说我不想和你打，雅典娜说可你必须打，护堂说为什么，雅典娜说因为你是弑神者，护堂说那我放弃这个身份，雅典娜笑了，说你以为你能放弃吗。护堂最终没有杀死雅典娜，而是和她达成了一个奇怪的约定，雅典娜退回神话世界，护堂继续当他的高中生，可他知道这个约定只是暂时的，总有一天他还要面对更强大的敌人。主要角色名称包括草薙护堂、艾丽卡·布朗特里、莉莉娅娜·克兰尼查尔、雅典娜、普罗米修斯、佑理、万里谷光和草薙护堂的同学们，《弑神者！》把神话、战斗和后宫喜剧绑在一起，让每一次拔剑都像一次告白，观众看着护堂从一个只想写作业的高中生变成敢和神谈条件的弑神者，会明白弑神者最厉害的不是杀了神，是他在可以逃跑的时候选择了站在艾丽卡前面。《弑神者！》最后让护堂坐在学校的教室里，艾丽卡和莉莉娅娜一左一右坐在他旁边，老师在上面讲课，护堂在下面打瞌睡，艾丽卡踢了他一脚，护堂说干嘛，艾丽卡说你在梦里又喊雅典娜的名字了，护堂说我没有，莉莉娅娜说你有，护堂叹了口气，说这日子什么时候是个头。