《玛雅与三勇士》的故事从阿兹特克帝国首都特诺奇蒂特兰的太阳祭坛开始，玛雅是国王最小的女儿，生来能听见太阳神的声音，祭司却说她是不祥之兆，要把她献给死神米克特兰。献祭前夜，玛雅在神庙地下找到三块刻着勇士纹章的石头，一块是美洲豹，一块是鹰，一块是蛇，她按照古老歌谣念出咒语，三道光冲进雨林、火山和冥界，唤醒了被封印千年的三勇士。美洲豹勇士特库力大无穷，却傲慢自大，鹰勇士伊兹能飞能射箭，却胆小怕事，蛇勇士库库能隐身能下毒，却贪吃成性。玛雅带着三勇士穿越玉米田、黑曜石山和亡灵大道，米克特兰派出骷髅兵、蝙蝠怪和无面祭司追杀。特库因为不听劝掉进沼泽，玛雅用藤蔓救他，告诉他真正的力量是保护别人；伊兹看见蜘蛛就躲，却在玛雅被毒蛇缠住时鼓起勇气射断蛇头；库库偷吃祭品被诅咒变成石像，玛雅用眼泪唤醒他，库库第一次说我不饿了，我要救你。四人进入冥界九层，第一层是白骨河，第二层是冰刀山，第三层是美洲豹神殿，第四层是血池，第五层是风窟，第六层是箭雨，第七层是火焰洞，第八层是黑水潭，第九层是米克特兰的王座。米克特兰提出用玛雅的心换三勇士自由，特库、伊兹和库库同时挡在她面前，玛雅却走上前，用太阳神赐予她的光语唱出创世歌，把米克特兰的黑暗一点点撕开。米克特兰暴怒，现出真身，原来他是被太阳神放逐的孪生兄弟，玛雅告诉他，黑暗不是被消灭的，是被理解后重新回到平衡。三勇士合力打碎米克特兰的骨冠，玛雅用光语净化冥界，米克特兰变成一只黑豹守护亡灵。玛雅回到人间，祭司被推翻，国王承认女儿是真正的太阳之女，特库成为军队统帅却不再傲慢，伊兹成为侦察队长却不再胆小，库库成为祭司却不再贪吃。玛雅没有嫁给任何勇士，她成为女王，让三勇士分别守护雨林、天空和冥界，每年太阳祭，她会站在祭坛上对天空说，玛雅与三勇士不是传说，是有人愿意把黑暗也当成朋友。《玛雅与三勇士》用神话冒险、冥界九层、勇士成长和玛雅觉醒串成一部又燃又美的动漫，主角名称包括玛雅、特库、伊兹、库库、米克特兰、太阳神、国王、祭司和黑豹，而《玛雅与三勇士》最终让人明白，真正的勇士不是没有缺点，而是特库学会低头，伊兹学会向前，库库学会分享，而玛雅让所有人看到，一个小女孩也能带着三个不完美的勇士，从祭坛走向王座，把黑暗变成守护，把死亡变成轮回。