小学时期，游泳部的四名成员在毕业前的游泳比赛中勇夺冠军。然而随着毕业季的到来，有人升学，有人出国，昔日默契的四人最终分道扬镳。时过境迁，就读于岩鸢高中的七濑遥（岛崎信长 配音）与挚友橘真琴（铃木达央 配音）一同升入了高二，并与昔日的游泳部成员叶月渚（代永翼 配音）意外重逢。三人回忆起无忧无虑的小学时光，结伴前往曾经的游泳馆。在这座废弃的游泳馆里，他们竟遇到了留学归国的松冈凛（宫野真守 配音）。意料之外的是，昔日战友凛不仅性情大变，更向遥发起了挑战，而遥在这次对决中遗憾落败。不甘心的遥、真琴和渚决定重新成立游泳部。经过多番努力，他们终于招募到对新项目充满干劲的新成员龙崎怜（平川大辅 配音）。四人集结完毕，以县大赛冠军为目标展开了紧张的集训。另一方面，凛所在的鲛柄学院游泳部也在为即将到来的大赛厉兵秣马。曾经的好友如今立下约定，要在赛场上用实力决一高下。充满激情与活力的岩鸢高中游泳部，在这个盛夏，正式开启了关于友情、羁绊与青春的 Free! 故事。