第一季故事落下帷幕，少年君塚君彦在知晓名侦探希耶丝塔的死亡真相后，本打算回归普通高中生的日常，可笼罩世界的神秘组织 SPES 依旧在暗处活动，无数潜藏的危机还没有消散。夏凪渚继承了希耶丝塔心脏，也继承了侦探的使命，她不断委托君塚协助调查各类离奇案件，两人搭档，继续追寻 SPES 的秘密。第二季围绕 SPES 的核心阴谋展开，一边推进当下的案件调查，一边穿插君塚与希耶丝塔三年间环游世界、并肩作战的回忆片段，一点点揭开希耶丝塔生前未曾说出口的秘密，还有这位完美名侦探曾经犯下的失误。故事开篇，君塚与夏凪渚接到一桩跨国委托，前往伦敦调查一连串离奇失踪案件。在飞往英国的航班上，他们再次遭遇和当年劫持事件相似的危机，并且遇见了神秘女子奥莉维娅，对方带来了关于预言者巫女的情报。抵达伦敦之后，两人找到了拥有预言能力的调律者巫女，从她口中得知 SPES 的本体 SEED，是一个拥有自我意识、不断吞噬人类意识的特殊存在，而希耶丝塔很早之前就一直在寻找能够封印 SEED 的办法。君塚在希耶丝塔留在伦敦的旧宅里，找到了一封尘封许久的信件，信件记录了希耶丝塔当年的计划，里面包含一个几乎不可能实现的奇迹：唤醒沉睡的希耶丝塔本体。为寻找 SEED 的弱点，一行人前往一座偏远孤岛，这里藏着希耶丝塔留下的秘密基地与 SPES 数据库。在孤岛探索期间，君塚通过通讯设备，与留守基地的女仆型希耶丝塔分身对话，读取数据库里的资料，逐步了解 SPES 创造各类改造人、容器的全部计划。正当他们收集关键线索时，SPES 发起突袭，目标是拥有特殊体质的斋川唯，她是 SEED 最想要夺取的容器。众人紧急赶回日本，蝙蝠、夏洛特、加濑风靡等旧识全部参战，一场惨烈的大战就此爆发。战斗之中，蝙蝠不幸牺牲，夏洛特身受重伤，夏凪渚更是在保护斋川唯的过程中倒下，局势彻底滑向绝望。就在所有人陷入低谷的三天之后，奇迹发生，希耶丝塔成功复活。复活归来的希耶丝塔重新站到君塚身边，两人再次变回侦探与助手的组合。但复活后的希耶丝塔状态并不稳定，她清楚自己的存在本身就伴随着巨大代价。SEED 的意识脱离了原本的束缚，化为巨大的蛇形怪物，准备吞噬整个世界人类的意识。各方势力集结，曾经互为敌人的角色选择暂时联手，共同对抗 SEED。战斗不只是力量的比拼，更是对信念的考验，君塚不再只是当年那个被动卷入麻烦的少年，他学会独立思考，不再一味依赖希耶丝塔的判断，用自己的推理找出 SEED 意识的核心弱点。激烈的决战中，赫拉牺牲自身意识，完成对 SEED 的封印，这场持续多年的危机暂时平息。大战结束之后，众人迎来短暂的平静，可新的难题接踵而至。夏凪渚陷入沉睡，想要唤醒她，还需要寻找更多线索。希耶丝塔与君塚也终于坦诚面对彼此内心的情感，说出藏在心底的心意。与此同时，新的敌人 Mia 与 Scarlet 登场，留下新的伏笔，暗示 SPES 残存的势力依旧在暗中谋划，世界并没有迎来真正的和平。本季的故事不再只聚焦侦探解谜与战斗，更多探讨何为侦探的使命，以及继承遗志真正的意义。希耶丝塔并非无所不能，她也会犯错，也会背负沉重的牺牲与谎言；君塚在一次次生死历练中成长，明白侦探的职责不是一味追求胜利，而是守护身边的人。剧集结尾，君塚、希耶丝塔一同踏上新的旅程，目标是寻找唤醒夏凪渚的办法，还有清理 SPES 残留的隐患。侦探虽然曾经死去，但属于他们的故事远远没有结束，新的谜团，正在前方静静等待他们前去揭开。