《美人鱼第三季》的故事在一场告别中开场，Emma Gilbert跟着家人去了海外，Cleo Sertori和Rikki Chadwick迎来了高中的最后一年，身边少了那个总是最有条理的Emma，两个女孩一开始都有些慌。但生活不允许她们停下来伤感，因为Mako岛上出现了新的异常，一股奇怪的力量开始在水里涌动，甚至让水本身变成了敌人。Cleo和Rikki在这段时间认识了新朋友Bella Hartley，Bella是一个在九岁时就在爱尔兰海蚀洞里变成美人鱼的女孩，她的变身方式和Emma她们完全不同，没有Mako岛的月池，也没有那场满月，她就那么莫名其妙地在水里变成了美人鱼。Bella活泼开朗，对美人鱼的身份早就驾轻就熟，她的加入填补了Emma离开后的空缺，也让Cleo和Rikki多了一个可以并肩的人。Lewis McCartney依然是那个在后面默默研究一切的人，他试图弄清楚Mako岛月池的变化和水力量暴走的原因，还在学校里因为测试月池水而引起了科学老师的注意。新来的男孩Will也卷入了这场混乱，他在Mako岛上经历了一些无法解释的事情，一直想找证据证明自己没有产生幻觉，Bella被安排去误导他的搜索，不让他找到月池，可Will越查越深，最终还是发现了Bella是美人鱼。Will的发现给三个女孩带来了新的压力，但更大的威胁来自Mako岛本身，月池的水开始变得具有攻击性，会在满月时像触手一样主动抓人，Bella有一次被水触手拖走，直接被带到了Mako岛，Cleo和Rikki不得不联手去救她。这一季的反派是Sophie，Will的姐姐，她盯上了Zane和Rikki的咖啡馆，想在Rikki和Bella之间制造裂痕，还在商业上给她们制造麻烦。Lewis在这一季也面临自己的选择，他收到了去美国深造的机会，Cleo必须学会让Lewis去追求他自己的未来，而不是把他永远绑在自己身边。季终的高潮围绕着Mako岛月池的危机展开，Sophie和Ryan为了获取月池里稀有的水晶，不惜破坏月池的结构，导致水力量彻底失衡，Cleo、Rikki和Bella必须在满月之夜联手修复月池，否则整个海洋生态都会受到影响。这场危机让三个女孩的感情经受住了考验，Bella从一个外来者真正融入了这个小团体，Rikki学会了信任别人，Cleo也放下了对Lewis的依赖，三个女孩站在Mako岛的月光下，第一次觉得自己已经准备好面对接下来的一切。整部《美人鱼第三季》用新成员、水力量暴走、月池危机和成长的代价把这部青春奇幻剧推向了一个更成熟的阶段，主角名称包括Cleo Sertori、Rikki Chadwick、Bella Hartley、Lewis McCartney、Will、Sophie、Zane Bennett、Emma Gilbert、Don Sertori、Kim Sertori和Samantha，而《美人鱼第三季》最让人感慨的地方是它没有回避成长带来的分离，Emma的离开是现实的一部分，Bella的加入是生活给的礼物，而Cleo和Rikki在最后站在Mako岛上时终于明白，美人鱼的秘密不会因为少了一个人就消失，只要她们还愿意一起跳进水里，这个秘密就永远有人守护，而《美人鱼第三季》也让所有人看到，真正的友谊不是永远不分开，是分开之后还能在水里重新找到彼此。