《双凤奇案》的故事从明朝正德年间陕西省宝鸡府凤翔县一只玉镯和一幅荷花图开始，世袭指挥秦昆鹏的母亲给富家小姐孙玉凤送去一只玉镯做定亲信物，孙玉凤回赠了一幅自己绣的荷花图，两家欢欢喜喜定了亲，谁也没想到这幅荷花图会变成一桩血案的引线。绣娘尤彩凤的舅父母褚生和贾氏借宿在尤家，第二天早上被人发现双双被害，贾氏的头颅不翼而飞，尤彩凤一夜之间从绣娘变成了杀人嫌疑犯。尚朝奉在夜里捡到一个包袱，打开一看里面是颗女人头，他吓得扔进朱砂井里，又怕伙计孙玉秀报官，干脆把孙玉秀也推下井灭口，第二天跑到县衙告状说孙玉秀偷了银子跑了。县令钱树青是个糊涂官，书吏任义在背后递了一张纸条，他就判孙玉秀的父亲孙国安赔偿，孙国安不服，被押进大牢，孙玉凤上堂替父亲辩理，钱树青说她无理取闹，把孙玉凤也关了进去。秦昆鹏赶来救人，任义又设下圈套把秦昆鹏也牵扯进案子里，说他跟尤彩凤有私情所以合谋杀人，秦昆鹏百口莫辩。这时候一个叫兰彩华的女仵作出现了，她验尸的时候发现贾氏的伤口根本不是刀伤，而是被特制的铁器所害，她偷偷检查了尤彩凤的尿样，发现被人动过手脚，有人在故意把罪名往尤彩凤身上引。秦昆鹏的母亲四处奔走，找到了按察院陈思三，陈思三复审时发现案卷里漏洞百出，任义和钱树青的关系太密切了，钱树青判案之前总要跟任义商量，而任义又是尚朝奉的远房亲戚。随着调查一层层剥开，真相让人脊背发凉，原来任义才是幕后的黑手，他看上了孙玉凤，想除掉秦昆鹏，于是设计了一整套连环局，先杀褚生和贾氏制造命案，再嫁祸孙家，又趁乱把秦昆鹏拖下水，最后让钱树青这个傀儡县令按他的剧本判案。秦昆鹏和孙玉凤在狱中受尽折磨，尤彩凤被冤枉得差点自杀，孙国安死在牢里，孙玉秀的尸体从朱砂井捞上来的时候已经烂得认不出模样。可真相不会永远沉在井底，兰彩华在陈思三的支持下重新验尸，找到了任义杀人的铁证，秦昆鹏的母亲带着族老联名上书，孙玉凤在公堂上一件件撕开任义的谎言，任义最终被判斩刑，钱树青被革职查办，尚朝奉因杀人灭口被处死。尤彩凤无罪释放，孙国安和孙玉秀的冤屈得以昭雪，秦昆鹏和孙玉凤在经历了这场劫难之后终于成亲。整部《双凤奇案》用定亲信物、连环冤案、公堂斗智和女仵作验尸把明朝的社会黑暗和人性的贪婪与坚韧都拍了出来，主角名称包括孙玉凤、尤彩凤、秦昆鹏、任义、钱树青、尚朝奉、孙玉秀、兰彩华、陈思三和孙国安，而《双凤奇案》最让人意难平的地方是它没有把冤案拍成一个人坏，而是一群人沉默、一个官员昏庸、一套制度失灵共同绞杀无辜者的悲剧，也让观众看到，孙玉凤和尤彩凤这两个因一只玉镯和一幅荷花图被绑在一起的女子，在所有人都劝她们认命的时候，硬是用自己的手把沉到井底的真相一块一块捞了上来。