满清入主中原，正当百废待兴之际，清世祖顺治帝驾崩。顺治临终将皇位传予三阿哥玄烨（康熙，张智霖 饰），并授命索尼、苏克萨哈、遏必隆及鳌拜四位顾命大臣辅政。玄烨童年并不得父皇欢心，而后更因染上天花被迫迁居宫外。孤苦无依之际，他与鳌拜（林嘉华 饰）结识，被其英雄气概所吸引并随之习武，两人由此产生了一种亲如父子的感情。玄烨即位，改元康熙，康熙以鳌拜为榜样，不论武功、政事均十分信任；鳌拜亦借助这层关系在朝中排除异己。随着康熙日渐长大，先后经由「明史案」、「汤若望案」及「圈地换地事件」看穿了鳌拜嚣张狂妄的真面目，这更促使他借大婚之机早日亲政的决心。康熙自幼与冰月公主（梁小冰 饰）青梅竹马，遂向太皇太后提出立冰月为后。不料太后以冰月非安亲王亲生女、出身不明为由拒绝，适逢靖南王之弟耿聚忠上书求亲，太后乘机将冰月下嫁予耿聚忠，以达到分开康熙与冰月、并拉拢靖南王的双重目的。眼见心爱之人被迫嫁作他人妇，康熙无限心伤，但以国事为重，只好依太后之命在芸芸美女中选了索尼之孙女芳仪为后，将全副精力专注于国家政事。鳌拜势力日益坐大，多次与康熙作对，康熙虽贵为天子却也敌不过权臣，又难舍冰月另嫁而终日忧愁，幸得太后多番训诫才如梦初醒，立志要从鳌拜手中夺回政权。鳌拜见康熙似有夺权之势，为显示势力竟以回乡祭祖为由请辞，让康熙一尝事事受阻、路路不通的滋味，康熙不得已只得将鳌拜迎回京师重掌朝政。在此情势下，康熙微服离京寻求有识之士，偶遇前朝朱三太子（朱慈安 饰），两人结为师生。朱三太子不避国仇家恨为康熙提供治国良策，康熙更惊见朱之养女水月貌似冰月，移情之下渐萌爱意。此后康熙虽厘清了对水月的真爱，岂料此举却被鳌拜知悉并派人追杀。康熙一方面为对付鳌拜而苦恼，另一方面又惊闻三藩蠢蠢欲动。幸得冰月协助，拉拢三藩以对抗鳌拜之兵力，并启用索额图来加强宫中守卫。康熙究竟有何妙计对付心思缜密、不可一世的鳌拜？这其中又将发生什么样的变化与转机？万人之上的康熙，是否真能与心中所爱长相厮守？